MolDesign
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Lo nuevo en 1.0.2What’s new in 1.0.2Molcy: de la evaluación al vídeoMolcy: from evaluation to video

Cada evaluación,
con su evidencia.Every run,
with its evidence.

Acopla ligandos, revisa las decisiones estructurales y comparte un expediente reproducible. MolDesign reúne el trabajo en tu equipo, con la incertidumbre a la vista.Dock ligands, review structural decisions and share a reproducible dossier. MolDesign brings the work together on your computer, with uncertainty in view.

Descargar en Microsoft StoreGet it on Microsoft StoreGratisFreeRepositorio en GitHubGitHub repository

Windows 10/11 · x64 · Cómputo localWindows 10/11 · x64 · Local computation

Auditoría de preparación: receptor y sitio, y estado de revisión.

Revisa el sistema antes de confiar en un resultado: cada bloque muestra qué decisiones de preparación están registradas y cuáles siguen pendientes, y la revisión puede pedir más información o abstenerse.Review the system before trusting a result: each block shows which preparation decisions are recorded and which remain open, and the review can ask for more information or abstain.

Captura real del desarrollo 1.0.2 · receptor de demostraciónReal 1.0.2 development capture · demo receptor
  • Gratis para uso no comercialFree for noncommercial use
  • En tu equipoOn your computer
  • Núcleo sin redOffline core
  • Expediente por evaluaciónA dossier for each run
  • Supuestos declaradosDeclared assumptions
  • AutoDock Vina 1.2.7 incluidoAutoDock Vina 1.2.7 built in
  • Vídeo y fotos con MolcyVideo and photos with Molcy
  • Hashes SHA-256 en cada paqueteSHA-256 hashes in every package
  • Se abstiene si falta evidenciaAbstains when evidence is missing
  • 171 experimentos sellados y publicados171 sealed experiments, all published
  • Tus receptores: PDB, mmCIF, PQR o PDBQTYour receptors: PDB, mmCIF, PQR or PDBQT
VERSIÓN 1.0.2VERSION 1.0.2

Más contexto para el
siguiente paso.More context for
the next step.

Esta versión amplía cómo preparas, conservas y comunicas una evaluación. Las dos grandes novedades son Molcy, que convierte una evaluación en vídeo, y la pestaña Preparación, que dice qué falta antes de confiar en ella.This version expands how you prepare, preserve and communicate a run. The two headline features are Molcy, which turns an evaluation into video, and the Preparation tab, which says what is missing before you trust it.

Versión actualCurrent versionLo que cambió respecto a 1.0.1What changed since 1.0.1
NOVEDAD ESTRELLA DE ESTA VERSIÓNTHE HEADLINE OF THIS RELEASE Beta

Molcy: tu evaluación,
lista para contarla.Molcy: your evaluation,
ready to show.

Molcy convierte una evaluación que guardaste en Moldex, o un receptor, en un vídeo o en fotos de la unión, en tu propio equipo. Cada escena se construye sólo con la evidencia que la evaluación conservó: si falta la traza, una pose o un control, Molcy lo dice y no dibuja datos de sustitución.Molcy turns an evaluation you saved in Moldex, or a receptor, into a video or photos of the binding, on your own computer. Every scene is built only from the evidence the evaluation kept: if the trace, a pose or a control is missing, Molcy says so and draws no substitute data.

Repositorio de MolcyMolcy repositoryEl motor de vídeo de Molcy es público, bajo GPL-3.0-or-later.Molcy’s video engine is public, under GPL-3.0-or-later.
Vídeo real de Molcy, recomprimido para la web: escena BúsquedaSearch de la corrida 381491c8, guardada en Moldex, sobre 4FK3 (BRAF V600E Kinase, catálogo de Demostración). 9 poses y 128 520128,520 pasos internos de Vina en 8 réplicas. 15,615.6 s, sin sonido.Actual Molcy video, recompressed for the web: the BúsquedaSearch scene of run 381491c8, saved in Moldex, on 4FK3 (BRAF V600E Kinase, Demo catalog). 9 poses and 128 520128,520 internal Vina steps in 8 replicas. 15,615.6 s, no sound.
EscenasScenes
Resultado, Receptor o Búsqueda, entre otras: la pose con sus interacciones polares y apolares, un recorrido por el receptor o los pasos que Vina registró al explorar.Result, Receptor or Search, among others: the pose with its polar and apolar interactions, a tour of the receptor, or the steps Vina recorded while exploring.
FormatosFormats
Vídeo vertical 9:16 u horizontal 16:9, y una prueba corta para revisar el encuadre.Vertical 9:16 or horizontal 16:9 video, plus a short test to check the framing.
Vídeo y fotosVideo and photos
El vídeo se genera con la GPU. Las fotos se toman con la CPU o la GPU, de 720p a 4K, con la marca de MolDesign. Todo vídeo termina con el cierre de MolDesign.Video is rendered on the GPU. Photos are taken on the CPU or GPU, from 720p to 4K, with the MolDesign mark. Every video ends with the MolDesign closing.
En tu equipoOn your computer
El render es local. La primera vez, Molcy ofrece descargar Blender y Molecular Nodes desde la aplicación.Rendering is local. The first time, Molcy offers to download Blender and Molecular Nodes from the app.
MOLCY · PASO A PASOMOLCY · STEP BY STEP

Del caso al vídeo, en seis pasos.From case to video in six steps.

Molcy hace un vídeo o fotos de una corrida que guardaste en Moldex. El vídeo necesita una GPU; las fotos también se toman con la CPU. La primera vez, Molcy te ofrece descargar Blender y Molecular Nodes.Molcy makes a video or photos of a run you saved in Moldex. Video needs a GPU; photos can also be taken with the CPU. The first time, Molcy offers to download Blender and Molecular Nodes.

Pestaña Evaluación sin casos, con el botón «Crear un caso» señalado.
Paso 1 de 6Step 1 of 6
TAMBIÉN NUEVO · PREPARACIÓNALSO NEW · PREPARATION

Saber qué falta
antes de confiar.Know what is missing
before you trust it.

La pestaña Preparación audita una evaluación concreta, bloque a bloque: receptor y sitio, estado químico del ligando, pose, entorno y procedencia. Cada bloque dice qué está registrado, qué sigue pendiente, por qué y cuál sería el siguiente paso. La auditoría viaja dentro del paquete de la evaluación.The Preparation tab audits a specific evaluation, block by block: receptor and site, the ligand’s chemical state, pose, environment and provenance. Each block says what is recorded, what remains open, why, and what the next step would be. The audit travels inside the evaluation package.

Medido, no prometido.Measured, not promised.

En FEP-09-R1 se plantaron defectos en sistemas del benchmark de OpenFF y el producto los auditó, con Vina real. Esto es lo que vio:In FEP-09-R1, defects were planted in systems from the OpenFF benchmark and the product audited them, with real Vina runs. This is what it saw:

Huecos en el sitioGaps at the site
15 deof 15
Estereoquímica sin asignarUnassigned stereochemistry
21 deof 21
Falsas alarmas en controles sin defectoFalse alarms in defect-free controls
0 deof 585
Agua puente retiradaRemoved bridging water
0 deof 9 · fuera de lo que mira hoyoutside what it checks today
Protonación del sitioSite protonation
0 deof 5 · fuera de lo que mira hoyoutside what it checks today

La decisión global es INCONCLUSIVE: 2 categorías declaradas no tuvieron casos. Son defectos plantados: no mide qué fracción de los problemas reales detecta.The overall decision is INCONCLUSIVE: 2 declared categories had no cases. These are planted defects: it does not measure what fraction of real problems it detects.

Auditor de readiness para FEP en desarrollo. No ejecuta FEP ni certifica compatibilidad con FEP+.FEP readiness auditor in development. It does not run FEP or certify FEP+ compatibility.

Auditoría de preparación: receptor y sitio, y estado de revisión.

También en 1.0.2Also in 1.0.2

Un paquete que se comparte completo.A package you can share in full.

El ZIP de la evaluación reúne el dossier en PDF, receptor preparado, ligando, poses, protocolo, receta para repetir la evaluación, auditoría de Preparación y hashes SHA-256. Incluye la estructura de origen cuando se puede comprobar.The evaluation ZIP brings together the PDF dossier, prepared receptor, ligand, poses, protocol, instructions to repeat the run, Preparation audit and SHA-256 hashes. It includes the source structure when it can be verified.

Es el paquete reproducible de esa evaluación. La transferencia a un cálculo FEP todavía no está demostrada.It is the reproducible package of that evaluation. Transfer to an FEP calculation is not yet demonstrated.

Tus estructuras, con sus decisiones.Your structures, with their decisions.

Sube PDB, mmCIF, estructuras predichas, PQR o PDBQT. Elige preparación automática, respeta una estructura preparada por tu equipo o usa un PDBQT tal cual. Las aguas, los metales y los cofactores conservados quedan declarados.Upload PDB, mmCIF, predicted structures, PQR or PDBQT. Choose automatic preparation, preserve your team’s prepared structure or use a PDBQT as supplied. Retained waters, metals and cofactors are recorded.

La protonación aportada por el usuario se declara como tal. Conservar un metal no valida su coordinación.User-supplied protonation is recorded as such. Retaining a metal does not validate its coordination.

Moldex conserva cada evaluación.Moldex keeps each evaluation.

Guarda una evaluación por su identidad, con la pose y la evidencia que produjo. Una evaluación posterior de la misma molécula no reemplaza la que ya guardaste. Molcy parte de esa evaluación exacta.Save a run by its identity, with the pose and evidence it produced. A later evaluation of the same molecule does not replace the one you saved. Molcy starts from that exact run.

Historial, Moldex y los resultados muestran la hora en la zona del equipo.History, Moldex and results show timestamps in your computer’s time zone.

Lotes y anti-dianas, explícitos.Explicit batches and off-target panels.

Lotes fija su semilla y declara qué tautómero acopla. El panel de anti-dianas se elige por familia, con hERG y 5-HT2B por defecto. El ranking principal vuelve a la afinidad observada por Vina.Batches fix their seed and declare the docked tautomer. Choose the off-target panel by family, with hERG and 5-HT2B as defaults. The primary ranking returns to the affinity observed by Vina.

La evidencia de docking no demuestra actividad, selectividad ni seguridad biológica.Docking evidence does not demonstrate biological activity, selectivity or safety.

El expediente también habla inglés.The dossier speaks English, too.

Dossier, PDF y pantallas en inglés. MolChat corrige las respuestas en blanco al nombrar moléculas y permite reportar una respuesta desde tu programa de correo, con revisión antes de enviarla.English dossiers, PDFs and screens. MolChat fixes blank replies when naming molecules and lets you report an answer through your email app, with review before sending.

El texto de MolChat puede equivocarse. Los resultados científicos proceden de los cálculos, no del asistente.MolChat can be wrong. Scientific results come from the calculations, not the assistant.

De la estructura al expediente.From structure to dossier.

Un flujo continuo, con cada decisión ligada a la evaluación que la produjo.One continuous workflow, with each decision tied to the run that produced it.

  1. Define el casoDefine the case

    Receptor, sitio, ligandos y configuración. Usa una estructura propia o explora el catálogo de demostración.Receptor, site, ligands and settings. Use your own structure or explore the demo catalog.

  2. Evalúa y revisaEvaluate and review

    Ejecuta Vina, inspecciona las poses y consulta Preparación. Los avisos y las incertidumbres acompañan el resultado.Run Vina, inspect poses and check Preparation. Warnings and uncertainty stay with the result.

  3. Conserva la evaluaciónKeep the run

    Guarda la evaluación exacta en Moldex. Descarga el paquete con el dossier, las estructuras y su manifiesto.Save the exact evaluation in Moldex. Download the package with the dossier, structures and manifest.

  4. Comunica la evidenciaCommunicate the evidence

    Comparte el expediente o genera fotos y vídeos con Molcy. La salida conserva el contexto de lo calculado.Share the dossier or create photos and videos with Molcy. The output keeps the context of the calculation.

CIENCIA Y PROCEDENCIASCIENCE & PROVENANCE

También publicamos
lo que no funciona.We also publish
what doesn’t work.

Un número cobra sentido con su protocolo, sus controles y sus límites. Los experimentos y el estado real del catálogo tienen su propia página.A number makes sense with its protocol, controls and limits. The experiments and the actual state of the catalog each have their own page.

171Experimentos selladosSealed experimentsRegistrados antes de ejecutarse, con la hipótesis y el criterio de decisión por adelantado. 27 hallazgos, 27 refutaciones y 77 con artículo.Registered before they ran, with the hypothesis and the decision criterion written in advance. 27 findings, 27 refutations and 77 with a paper.Abrir el registroOpen the record 381Receptores de DemostraciónDemo receptorsPara explorar el flujo, no para decidir. Verificados: 0. El catálogo muestra también lo que no se puede preparar, y por qué.For exploring the workflow, not for deciding. Verified: 0. The catalog also shows what cannot be prepared, and why.Explorar el catálogoExplore the catalog

La evidencia computacional no sustituye la validación experimental. Los números se interpretan bajo sus condiciones de medición.Computational evidence does not replace experimental validation. Numbers must be interpreted under their measurement conditions.

Antes de empezar.Before you begin.

¿Qué puedo hacer con MolDesign?What can I do with MolDesign?

Producir, organizar y comunicar evidencia computacional estructural para investigación farmacológica temprana. Puedes acoplar ligandos, inspeccionar poses, revisar los supuestos del sistema y conservar el expediente de cada evaluación.Produce, organize and communicate structural computational evidence for early-stage drug research. Dock ligands, inspect poses, review the system’s assumptions and keep a dossier for each run.

¿Qué versión es la actual?Which version is current?

La 1.0.2, en Microsoft Store, que firma el paquete. Las novedades de esta página son las de 1.0.2 respecto a 1.0.1. En GitHub Releases puedes consultar los instaladores publicados.1.0.2, in Microsoft Store, which signs the package. The updates on this page are those of 1.0.2 compared with 1.0.1. GitHub Releases lists the published installers.

¿Necesita conexión a internet?Does it need an internet connection?

El núcleo y el cómputo funcionan en tu equipo, sin red. Los pesos de ESMFold y las herramientas de Molcy se descargan una vez, cuando los solicitas. Un proveedor externo de MolChat sólo recibe datos si lo configuras y autorizas su destino.The core and computation work on your computer, offline. ESMFold weights and Molcy tools are downloaded once when requested. An external MolChat provider only receives data if you configure it and authorize its destination.

¿Qué motores ejecuta?Which engines does it run?

AutoDock Vina 1.2.7 es el motor de docking incluido. ESMFold se descarga bajo demanda (8,4 GB), pliega péptidos y después Vina los acopla. La ruta de péptidos es experimental.AutoDock Vina 1.2.7 is the included docking engine. ESMFold is downloaded on demand (8.4 GB), folds peptides and then Vina docks them. The peptide route is experimental.

¿Qué significa «Demostración» en el catálogo?What does “Demo” mean in the catalog?

Las 381 entradas del catálogo permiten explorar el flujo, pero ninguna ha superado el protocolo de verificación de pose y calibración. Verificados está vacío en 1.0.2. Para decisiones reales, empieza por tus receptores y revisa la preparación del sistema.The catalog’s 381 entries let you explore the workflow, but none has passed the pose verification and calibration protocol. Verified is empty in 1.0.2. For real decisions, start with your own receptors and review the system’s preparation.

¿Predice un buen fármaco o ejecuta FEP?Does it predict a good drug or run FEP?

MolDesign no predice actividad biológica ni sustituye la validación experimental. No ejecuta dinámica molecular ni FEP. Preparación es un auditor de readiness para FEP en desarrollo; las capas ADMET y el rescoring se presentan con sus límites experimentales.MolDesign does not predict biological activity or replace experimental validation. It does not run molecular dynamics or FEP. Preparation is an FEP readiness auditor in development; ADMET and rescoring layers disclose their experimental limits.

¿Puedo usarlo comercialmente?Can I use it commercially?

La licencia PolyForm Noncommercial 1.0.0 permite uso, estudio, modificación y redistribución para fines no comerciales. MolDesign es source-available. El uso comercial requiere una licencia escrita separada: contacta a moldesign@amezcua-dev.com.PolyForm Noncommercial 1.0.0 permits use, study, modification and redistribution for noncommercial purposes. MolDesign is source-available. Commercial use requires a separate written license: contact moldesign@amezcua-dev.com.

Tus casos permanecen en tu equipo.Your cases stay on your computer.

Las integraciones externas son opcionales y requieren autorización. Consulta qué se conserva localmente y qué puede salir cuando las activas.External integrations are optional and require authorization. Read what stays local and what can leave when you enable them.

Aviso de privacidadPrivacy notice
WINDOWS 10/11 · X64

Empieza con
una estructura.Start with
a structure.

Instala MolDesign 1.0.2 desde Microsoft Store y explora el flujo en tu equipo, con Molcy y la pestaña Preparación incluidas.Install MolDesign 1.0.2 from Microsoft Store and explore the workflow on your computer, with Molcy and the Preparation tab included.

Descargar en Microsoft StoreGet it on Microsoft StoreGratisFreeRepositorio en GitHubGitHub repository

El paquete de Microsoft Store lo firma Microsoft. Los instaladores de GitHub Releases no llevan firma Authenticode: verifica su SHA-256 con el archivo .sha256 y el release-manifest.json de cada publicación.The Microsoft Store package is signed by Microsoft. GitHub Releases installers have no Authenticode signature: verify their SHA-256 against each release’s .sha256 file and release-manifest.json.

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